藻類對生態系統的平衡起著至關重要的作用，且其生命力很強，分布也十分廣泛，江河、湖泊、水庫、小溪、池塘、積水坑、沼澤、冰雪、溫泉、土壤、巖石、樹皮、墻壁乃至花盆外壁上，都有它們的蹤跡。它是水體初級生產力的主要組成部分。除此之外，藻類在許多領域都有廣泛的應用，如水質檢測和赤潮預報等，這些應用都離不開對藻類的鑒定工作。
 

　　常見的藻類鑒定需要觀察定量樣品的特征及生長情況，根據細胞中色素的成分和含量及其同化產物、藻絲、鞭毛長度和生殖方法等，鑒定工作繁瑣復雜；現有的觀察存在以下問題：
 

　　1.藻類無照片保存，再現存在非常大的困難(特別是含量較少且一時難以鑒定的藻種)，這影響了藻類鑒定的準確性；
 

　　2.藻種較多時，不可避免會出現重復勞動(例如忘了當前的藻種是否已出現過，需要查書)，耗時長，對于新手要分辨100個左右的藻種還是有點困難的；工作量大，容易使人員疲勞和出錯，耗時長。
 

　　傳統的藻類鑒定對比方法有以上這些問題，而現在，主要使用藻類鑒定儀，該儀器的出現則可以較好地解決以上問題，使得復雜的藻類鑒定試驗變得簡單。藻類鑒定儀主要用于生態學調查、漁業、水產養殖、教育等行業，對水體中的藻類和浮游動物樣品做自動分類計數、大小測量、種類分類以及生物量測定。